Фамилия Цицер — редкая, короткая и звонкая, с неочевидной этимологией. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами либо позднее искусственное образование, либо фамилия, пришедшая из другой языковой среды.

Наиболее вероятная версия связывает её с латинским прозвищем «Цицерон» (Cicero). В русской традиции это имя великого оратора нередко усекали до «Цицер» — так могли прозвать человека красноречивого, говорливого или, наоборот, с иронией — того, кто любил поучать. В пользу этой гипотезы говорит и то, что в южных и западных регионах Российской империи, где было сильно влияние польской и католической культуры, латинские имена и прозвища встречались чаще. Фамилия могла закрепиться за семинаристом или учителем словесности — в духовных училищах нередко давали «говорящие» фамилии по античным образцам.

Менее распространённая версия — топонимическая. В Закарпатье и на Буковине есть несколько мелких хуторов и урочищ с корнем «циц-» (от диалектного «цицка» — грудь, холм). Переселенец из такого места мог получить фамилию по названию родного села. Однако для этой гипотезы нет убедительных письменных подтверждений — в ревизских сказках и метриках Цицеры встречаются редко и разрозненно.

Словообразовательно фамилия осталась без патронимического суффикса, что для русских фамилий нетипично. Обычно так оформлялись прозвища, перешедшие в фамилии без изменений, или фамилии польского (Цицер, как и Новак, Коваль) и украинского происхождения. Встречается написание через «ы» — Цыцер, что может указывать на южнорусское или украинское аканье.

Основная масса известных носителей фамилии Цицер — жители Украины (особенно Винницкой и Хмельницкой областей) и юга России. Среди дворянства эта фамилия не числится; скорее всего, предки были мещанами или однодворцами, людьми грамотными, но небогатыми.