Фамилия Цупер — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не русская по корню, а пришла из языков западных или южных славян, либо из немецкой среды. Чтобы понять её значение, нужно отбросить типичные русские фамильные суффиксы — их в слове нет. Перед нами чистая основа, что указывает на относительно позднее оформление фамилии или на её иноязычное происхождение.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища или профессии. В немецком языке есть слово «Zuber» (цубер) — большая деревянная кадка, чан. В старину такие кадки использовали в пивоварении, для засолки, в банях. Мастер, делавший кадки, или человек, торговавший ими, мог получить прозвище Цубер, которое у восточных славян могло трансформироваться в Цупер (через озвончение или диалектное произношение). В польском и украинском языках тоже встречаются схожие слова, обозначающие кадку или ушат.

Менее вероятна, но возможна версия от немецкого «zuper» — превосходный, отличный. В таком случае прозвище могли дать хвастуну или, наоборот, человеку, который делал всё на совесть. Поскольку фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), её носители, скорее всего, не были крепостными крестьянами центральной России, где фамилии массово «русифицировали» добавлением окончания. Цуперы могли быть выходцами из западных губерний (Беларусь, Украина) или из числа немецких колонистов, которых приглашали в Россию в XVIII–XIX веках.

География фамилии сегодня размыта: она встречается в Беларуси, на Украине и в России, но везде остаётся штучной. Если ваши предки носили фамилию Цупер, стоит искать их корни в ремесленной среде — среди бондарей (кадников), пивоваров или переселенцев с запада.