Фамилия Цимер — редкий случай, когда географическое происхождение почти не оставляет сомнений, а вот корень даёт простор для догадок. Она явно восточноевропейская, скорее всего ашкеназская, и её носители в Российской империи были сосредоточены в черте оседлости: на территории современных Украины, Беларуси и Польши. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, Цимер не имеет славянского суффикса, что сразу указывает на иную языковую среду — идиш или немецкий.

Основа фамилии — слово «цимер» (нем. Zimmer), которое в немецком и на идише означает «комната». Однако прямое толкование «комнатный» как прозвище маловероятно. Гораздо правдоподобнее, что фамилия произошла от профессионального прозвища «цимерман» (Zimmermann — плотник). При переезде в Восточную Европу и переходе в идиш фамилию могли сократить до Цимер, отбросив вторую часть. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Цимерман встречается гораздо чаще, а Цимер — её естественное усечение, закрепившееся в документах.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с топонимом. В Германии и Польше есть несколько небольших местечек с названием Циммерн или Циммер, и выходец оттуда мог получить фамилию по месту жительства. Однако для ашкеназских фамилий модель образования от названия города чаще даёт суффикс -ер (например, Берлинер), а не чистую основу. Поэтому версия с плотником выглядит убедительнее.

Обратите внимание на написание: в дореволюционных записях фамилию могли фиксировать как Циммер, с удвоенной «м», что ближе к немецкому оригиналу. Двойное «м» — ещё один след немецкого корня, который со временем в русском языке упростился до одного. Если искать однокоренные фамилии, то это Цимерман, Циммерман, а также фамилии, образованные от того же корня, но с другим суффиксом: Циммерлинг, Циммерович. Все они ведут к одному ремеслу — плотницкому делу, которое было одним из самых распространённых среди еврейского населения местечек.