Фамилия Цифер — редкая и неочевидная для русского уха. В ней слышится что-то немецкое или идишское, и это верное направление. Основа фамилии — слово «цифра» (нем. Ziffer, идиш ציפער), но не в современном математическом смысле, а в старом, профессиональном. В немецких землях и в среде еврейского населения Восточной Европы «цифер» (Zifferer) — это переписчик, счетовод, человек, работающий с цифрами и документами. В Российской империи так могли назвать бухгалтера, конторщика или писаря, который вел учёт.

Суффикс в фамилии нулевой — это типичная модель для заимствованных фамилий на -ер. В русском языке такие фамилии не склоняются по падежам, как женские, так и мужские. По происхождению это либо немецкая фамилия (с возможным окончанием -ер, которое в немецком обозначает профессию), либо еврейская ашкеназская, где -ер — тоже профессиональный суффикс (ср. Шустер, Малер). Второй вариант вероятнее, если фамилия встречается в бывших черте оседлости — на Украине, в Белоруссии, в Польше.

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища «Цифер» — так в некоторых русских говорах могли называть дотошного, педантичного человека, который всё любит считать и проверять. Но это уже вторичное переосмысление, когда немецкое слово попало в крестьянскую среду.

Встречается фамилия крайне редко. В дореволюционных документах её носители — в основном мещане и купцы из западных губерний. Сословной привязки нет: среди Циферов были и ремесленники, и приказчики, и люди свободных профессий. После революции часть носителей уехала в Германию, Израиль и США, но небольшие группы остались в России и на Украине.

Фамилия Цифер — не про «цифры» в школьном смысле, а про человека, который с этими цифрами работал. Бухгалтер, счетовод, писарь — вот кто был вашим предком, если носить эту фамилию.