Фамилия Ципуштанова — редкая, сложная по составу и, скорее всего, тюркского происхождения, с явными следами кавказского или степного влияния. Её основа не похожа на типичные русские корни, что сразу выделяет носителя среди обладателей фамилий на -ов и -ин.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ов, который в русской традиции часто «навешивали» на иноязычные прозвища и имена при оформлении фамилий. Женская форма Ципуштанова образована от мужской Ципуштанов. Основа «Ципуштан» — это, по всей видимости, искажённое или адаптированное на русской почве личное имя или прозвище.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским или кумыкским именем, возможно, состоящим из двух частей. Первая часть «Цип-» может восходить к тюркскому слову со значением «граница», «межа» (ср. тюркское «чып» — граница) или быть вариантом передачи звука «джып» (быстрый, скорый). Вторая часть «-уштан» — вероятно, искажённое «устан» (уста) или «аштан» (от тюркского «аш» — еда, пища). В совокупности прозвище могло означать «быстрый на ногу», «граничный страж» или даже «кормилец» — в зависимости от диалекта.

Менее убедительна, но возможна связь с чеченским или ингушским языком, где «цип» может быть вариантом «ци» (медведь) или относиться к родовому имени. Однако в таком случае фамилия, скорее всего, получила бы окончание -ев, а не -ов, что реже встречается при адаптации вайнахских фамилий.

Географически фамилия Ципуштанова тяготеет к регионам Северного Кавказа и юга России — Ставрополье, Дагестан, Чечня. В центральных областях России она почти не встречается, что подтверждает её локальное, а не общерусское происхождение. Носители фамилии, вероятно, были выходцами из тюркоязычных или кавказских народов, принявшими фамилию при переписях или вхождении в состав казачества.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей — в этих средах иноязычные прозвища часто закреплялись в фамилиях без изменений. Дворянских родов с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано.