Фамилия Цишуров — редкая, и её разбор лучше начинать с суффикса. Окончание -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от прозвищ или мирских имён, отвечая на вопрос «чей?» — сын Цишура. Основа Цишур- не имеет очевидных параллелей в современном русском языке, что заставляет искать её корни в диалектах, профессиональном жаргоне или заимствованиях.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским или кавказским влиянием. В ряде тюркских языков «чиш» или «циш» означает «зуб», а суффикс -ур мог быть частью прозвища. В таком случае Цишур — человек с крупными, редкими или особыми зубами, либо мастер по их лечению (знахарь-костоправ). В пользу этой гипотезы говорит география: фамилия встречается в южных регионах России и в Поволжье, где исторически сильны тюркские и кавказские языковые контакты. Не исключено, что Цишуров — обрусевшая форма исходной фамилии или прозвища, которое в оригинале звучало иначе.

Альтернативная, но более слабая версия — связь с профессией. В некоторых говорах «цишурить» могло означать «чистить, скрести» (ср. с «чищу»). Тогда Цишур — прозвище чистюли или человека, занятого чисткой чего-либо (рыбы, кож, посуды). Однако глагол этот не зафиксирован в литературном языке и в известных диалектных словарях, поэтому версия остаётся гадательной.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В отличие от распространённых Цишкевич (с польским суффиксом) или Цишко (с уменьшительным -к-), Цишуров имеет редкую основу и однозначно указывает на прозвище, а не на крестильное имя. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: в дореволюционных списках Цишуровы могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — фамилия не даёт подсказок о дворянском происхождении или принадлежности к духовенству. Точных сведений о времени возникновения фамилии нет, но, судя по модели, она оформилась не раньше XVII века, когда патронимические фамилии на -ов стали массово закрепляться за податными сословиями.