Фамилия Цокота — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось, перейдя в фамилию без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Её основа — глагол «цокотать», который в разных говорах означал «цокать», «щебетать», «говорить быстро и звонко», а иногда — «стучать», «издавать дробный звук» (например, копытами). Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался живой, торопливой речью, или же за ним закрепилась манера говорить на «ц» (цоканье), характерная для северных и северо-западных русских говоров.

С точки зрения словообразования, фамилия Цокота стоит в ряду так называемых «нетронутых» прозвищ, которые не прирастили суффикс принадлежности. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде, где была сильна украинская или белорусская традиция (там фамилии без суффиксов встречаются чаще), либо на позднюю фиксацию в официальных документах, когда прозвище просто записали как есть. В русской ономастике такую модель называют «прозвищной фамилией» — она сохраняет исходную форму слова.

Географически фамилия Цокота тяготеет к юго-западу России и к Украине. Встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Белгородской и Воронежской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими и украинскими говорами, где «цокотать» могло означать не только «цокать», но и «болтать без умолку», «тараторить».

В отличие от фамилий Цоколь, Цоков или Цокотуха, которые могли возникнуть от названия предмета (цоколь) или от звукоподражания (цокот копыт), Цокота — чисто речевая характеристика. Версия о происхождении от тюркского корня (например, от слова «сок» или «сокот») маловероятна: фонетика и семантика укладываются в славянскую модель без натяжек.

По сословной принадлежности предки Цокоты, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — людьми, которые получили прозвище в быту, и оно закрепилось как фамильное имя без изменений. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.