Фамилия Цыбнко — типичный пример южнорусской и украинской модели образования фамилий с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, распространённый в основном на территории Левобережной Украины и южных областей России, изначально означал «маленький», «сын», «потомок» — то есть Цыбнко буквально «сын Цыбы». Вопрос упирается в прозвище Цыба.

Самая правдоподобная версия: Цыба — это диалектное прозвище долговязого, худого человека. В украинских и южнорусских говорах словом «циба» называли ногу, голень, а «цибатий» — длинноногий. Прозвище Цыба легко могли дать высокому подростку или мужчине с непропорционально длинными ногами. Фамилия образована по той же модели, что и Степаненко, Тимошенко, но от прозвищной, а не от крестильной основы.

Реже встречается версия о связи с глаголом «цыбать» (ходить мелкими шагами, семенить) или с птицей «цыба» — так в некоторых областях называли цаплю (тоже из-за длинных ног). Эта версия не противоречит первой, а скорее её дополняет: в любом случае основа указывает на внешнюю особенность — рост или походку.

Написание фамилии может колебаться: Цыбенко, Цибенко, Цыбко. Вариант с «ы» закрепился в русской передаче (после «ц» по правилам пишется «и», но в фамилиях часто сохраняют народное произношение с твёрдым «ц»). Форма Цыбнко с выпадением гласного («Цыбенко» → «Цыбнко») — результат бытового стяжения, характерного для украинской речи: «Цыбенко» произносили, а писали как слышали, сокращая.

Фамилия не относится к дворянским или священническим — это крестьянская, казацкая фамилия. Носители Цыбнко традиционно жили в Полтавской, Черниговской, Харьковской губерниях, а также на Кубани, куда переселялись запорожские казаки. Встречаемость низкая, фамилия редкая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — найти своих предков среди «Цыбнко» проще, чем среди Ивановых.