Фамилия Цынговатов редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы её понять, нужно разобрать не столько корень, сколько суффиксальную модель. Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Цынга, Цынговат, которое, в свою очередь, связано с болезнью «цинга». В старину прозвища, данные по физическому недостатку или болезни, были обычным делом: Цынга — человек, болевший или выглядевший так, будто страдает цингой (опухшие дёсны, бледность). Фамилии на -оватов/-еват обычно указывали на неполноту качества, на «слегка похожий» признак. То есть Цынговатов — это не «сын того, кто болел цингой», а скорее «сын того, кого дразнили Цынговатым» (слегка похожим на больного цингой).

Суффикс -оват- в русских фамилиях — большая редкость. Обычно он встречается в прилагательных со значением ослабленного признака (рыжеватый, глуповатый). В фамилиях он превращался в основу: если человека звали, допустим, Рыжеватый, то его дети становились Рыжеватовыми. Так и Цынговатый — прозвище по внешнему сходству или по поведению — дало Цынговатовых. Такая модель характерна для северных и центральных регионов России, но фамилия настолько редкая, что точную географию её бытования проследить трудно. В современных справочниках и телефонных книгах она встречается единично, в основном на юге России и в Поволжье, что может говорить о позднем переселении носителей.

Есть и альтернативная, но гораздо менее вероятная версия: связь с тюркским словом «сын» или «цын» (звук, звон) — но для этого нет убедительных параллелей. Фамилия Цынга (без суффикса) встречается чаще, а Цынговатов — её производная, причём с явным русским суффиксальным оформлением. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не фиксируют эту фамилию как типовую, что подтверждает её исключительную редкость и позднее возникновение.

Таким образом, предок носителя фамилии Цынговатов, скорее всего, получил прозвище Цынговатый — человек с бледным, болезненным видом или тот, кого в шутку сравнивали с больным цингой. Фамилия закрепилась по отцу: «чей сын?» — Цынговатова сын, то есть Цынговатов. Никакого высокого происхождения или связи с известными родами здесь нет — это чисто бытовая, «прозвищная» фамилия, каких в русской среде тысячи, но с редкой словообразовательной конструкцией.