Фамилия Цысова — женская форма, мужской вариант — Цысов. В русской традиции такие фамилии почти всегда образованы от прозвища или имени, и здесь самое интересное — именно корень. Он редкий и неочевидный.

Скорее всего, основа «Цыс» восходит к уменьшительной форме крестильного имени. В старину имя Цыс могло быть народным, обиходным вариантом от канонического имени Сисой (церковное Сисой, из греческого «равносильный»). В русских говорах звук «с» часто заменялся на «ц» (цоканье), особенно в северных и рязанских диалектах. Так Сисой превращался в Цыса, а прозвище Цыс или Цыса закреплялось за человеком. Суффикс -ов типичен для русских фамилий: он указывал на принадлежность — «сын Цыса».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь со словом «цыс» в значении «тихо, молчаливый». В некоторых говорах «цыс» — это междометие, призыв к тишине, как «тсс». Прозвище Цыс могли дать неразговорчивому, скрытному человеку. Но эта гипотеза слабее, потому что такие прозвища встречаются реже, чем производные от имён.

Фамилия Цысова не массовая. Встречается в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает её диалектное происхождение — именно в этих регионах было распространено цоканье. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды с таким корнем неизвестны. Таким образом, предки носителей фамилии — люди, которых в быту звали Цыс, и это имя, скорее всего, было формой церковного имени Сисой.