Фамилия Цыценя — редкая и звучит не по-русски, что сразу выдаёт её западно- или южнославянские корни. В русском языке нет слова «цыценя», а суффикс -еня совершенно нехарактерен для исконных русских фамилий, которые обычно строятся на -ов, -ин или -ский. Зато в польском, белорусском и украинском языках такие модели в порядке вещей: это уменьшительно-ласкательные формы, часто от имён или прозвищ.

Скорее всего, основа фамилии — «Цыц» или «Цыца». В славянских говорах «цыц» — это либо междометие, которым унимают или окрикивают (сравните с русским «цыц!»), либо детское слово для обозначения груди или соска. Отсюда могли возникнуть прозвища: Цыц — молчун или тот, кого часто одёргивали, либо Цыца — человек с какой-то заметной особенностью, связанной с этим корнем. Суффикс -еня в таких фамилиях (как, например, в польских Маленя, Коваленя) придаёт значение «маленький, сын того, кто Цыц». То есть Цыценя — буквально «маленький Цыц» или «отпрыск Цыца».

Версия с белорусским следом выглядит правдоподобной: там фамилии на -еня встречаются часто (Козленя, Зайченя) и обозначают детёныша или молодого человека по старшему родственнику. Если предок носил прозвище Цыц, то его сына в деревне могли называть Цыценя — так прозвище и закрепилось за родом. Менее вероятно, но возможно, что фамилия происходит от диалектного «цыцка» (соска, грудь) — тогда прозвище мог получить младенец или капризный человек.

Географически фамилия Цыценя почти не встречается в современной России. Её носители, если судить по открытым данным, сосредоточены в Беларуси и на востоке Польши, единично — в Украине. В русских переписях она не фиксируется, что подтверждает её региональное происхождение. Сословной принадлежности предков по такой фамилии не определить: прозвищный тип образования был распространён и среди крестьян, и среди мещан, и среди шляхты. Но сам корень — бытовой, не книжный, так что скорее всего родоначальник был простым человеком, которого в округе знали по характерной черте или поведению.

В написании фамилии возможны варианты: Цыценя, Циценя, Цыцэня — в зависимости от языка и времени записи. В польском языке она выглядела бы как Cycenia, что тоже указывает на мягкость произношения. Для русского уха фамилия остаётся необычной, но для белорусского или польского — совершенно нормальной и прозрачной по смыслу.