Фамилия Тубакина — женская форма фамилии Тубакин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. В отличие от многих фамилий на -ин, образованных от имён на -а/-я (Иван — Иванов, но Кузьма — Кузьмин), здесь мы видим суффикс -ин, присоединённый к основе, оканчивающейся на согласный. Это указывает на то, что исходное слово «Тубака» или «Тубак» было прозвищем, а не каноническим крестильным именем.

Наиболее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «тубак» — так в некоторых русских говорах называли табак (от тюркского «тютюн»). Прозвище Тубака мог получить человек, имевший отношение к табаку: курильщик, торговец табаком или даже нюхальщик. Учитывая, что табак на Руси долгое время был предметом осуждения (особенно при царе Михаиле Фёдоровиче и патриархе Никоне), такое прозвище могло быть дано с насмешкой или неодобрением. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ин от названий растений и товаров встречаются (например, Репьин, Смородин), хотя и реже, чем от имён.

Менее распространённая гипотеза возводит «Тубаку» к тюркскому личному имени Тубак или Тоба, что могло означать «полный», «сытый». В таком случае фамилия могла принадлежать потомкам выходцев из татарской или башкирской среды, принявших православие. Однако тюркская этимология менее убедительна, так как фамилия не фиксируется в массовом порядке в регионах Поволжья или Приуралья — её распространение скорее можно связать с северными и центральными областями России, где слово «тубак» в значении «табак» было в ходу.

Встречаются единичные случаи написания «Тубакина» через «о» — Тобакина, что может быть результатом аканья или ошибки писаря. Но основная форма устойчиво сохраняет «у» в корне. Сословно фамилия не элитарная: её носители в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами. Сегодня Тубакины — редкая фамилия, и для её обладательницы это скорее всего указание на предка, которого в деревне знали по характерной привычке или занятию, связанному с табаком.