Фамилия Тубаев, вероятно, ведет свое начало от прозвища Тубай. Можно предположить, что в его основе лежит общетюркское слово «тюбе» - «верх». Соответственно, прозвище Тубай мог получить тот, кто жил на возвышенности, на холме, или же высокий человек. По другой версии, в основу фамилии Тубаев могло лечь имя Тубай. Возможно, оно восходит к тюркскому слову «тюб» - «низ, дно, основание» или «тюба» - «часть, ветвь рода». Нарекая ребенка именем Тубай, родители, вероятно, желали своему сыну почитать предков и стать достойным продолжателем рода. Таким образом, потомок человека, которого звали Тубай, со временем получил фамилию Тубаев.