Фамилия Тубаев образована по классической для русского языка модели: к основе Тубай добавили патронимический суффикс -ев, который указывал на принадлежность к отцу. То есть Тубаев — это «сын Тубая». Такая схема типична для фамилий, возникших из прозвищ или личных имён, и она сразу подсказывает, что предок носителя фамилии жил не раньше рубежа XV–XVII веков, когда подобные фамилии начали закрепляться в среде служилых людей и крестьянства.

Сам корень Тубай имеет тюркские истоки, и здесь у исследователей есть две основные версии. Первая связывает прозвище с общетюркским словом «тюбе» — «верх, вершина, холм». В этом случае Тубаем могли называть человека, который жил на возвышенности, или просто высокого, статного мужчину. Прозвища по месту жительства и по внешним приметам были очень распространены, поэтому такая трактовка выглядит вполне убедительно.

Вторая версия отталкивается от слова «тюб» — «низ, дно, основание», а также от «тюба» — «часть, ветвь рода». Если следовать этой логике, Тубай — не прозвище, а личное имя, которое родители давали сыну с пожеланием, чтобы он почитал предков и стал достойным продолжателем своего рода. Имя, отсылающее к «корню» или «основанию» рода, — не редкость в тюркской традиции именования, где часто подчёркивали связь человека с семейной историей.

Какую из версий считать основной — вопрос спорный. Ономасты, работающие с тюркскими фамилиями, чаще склоняются к тому, что прозвища по внешнему признаку или месту жительства встречались чаще, чем имена-пожелания. Поэтому версия с «тюбе» — «верх» выглядит чуть правдоподобнее. Однако и вторая гипотеза имеет право на существование, особенно если учесть, что в разных диалектах тюркских языков слово «тюб» могло приобретать самые разные оттенки значения.

Отдельного внимания заслуживает форма самой фамилии. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа заканчивается на мягкий согласный или на й, как в нашем случае. Это типично для фамилий, образованных от имён и прозвищ с конечным -ай, -ей, -уй. Тубаев, Юмаев, Сараев — все они построены по одному принципу, что делает фамилию органичной частью большой группы русских фамилий тюркского происхождения.

География фамилии сегодня довольно широкая, но чаще всего Тубаевы встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где веками шло тесное взаимодействие русского и тюркского населения. В этих местах фамилия могла закрепиться как у потомков татар, башкир или чувашей, принявших православие, так и у русских, получивших прозвище от тюркского соседа. Точных данных о конкретном родоначальнике нет, но сам характер фамилии говорит о том, что её носители происходят из среды, где тюркские и славянские традиции переплелись особенно тесно.