Фамилия Тубоякова — женская форма фамилии Тубояков, и в ней сразу заметна необычная основа. Если большинство русских фамилий образовано от имён, профессий или внешних признаков, то здесь корень уходит в тюркские языки. Разберём по частям.

Основа «тубой» или «тубай» — в башкирском, татарском и казахском языках означает «холм», «бугор» или «возвышенность». Слово могло быть прозвищем человека, жившего на возвышенности, либо указывало на его крепкое, коренастое телосложение (как «бугор»). Вторая часть — «як» — распространённый тюркский суффикс, образующий прилагательные или имена со значением «обладающий чем-либо». То есть Тубояк — буквально «обладающий холмом» или «живущий на бугре». Суффикс -ов в мужском варианте Тубояков — стандартный русский патронимический суффикс, означающий «сын Тубояка».

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону. Наиболее вероятные места бытования — Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у крещёных татар, и у башкир, принявших православие, так что носительница могла иметь как русские, так и смешанные корни.

В русских документах фамилия зафиксирована сравнительно поздно — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне и инородцы массово получали фамилии по прозвищам. Вариант Тубоякова (с ударением на второй или третий слог) — исключительно женская форма, образованная по правилам русского языка: к мужской основе добавляется окончание -а.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то встречаются Тубаев, Тубаяков, Тубояров (где -яр — другой тюркский суффикс). Все они — из одного гнезда, указывающего на связь с рельефом местности. Никакой мистики или дворянского происхождения здесь нет: перед нами прозвищная фамилия, которая просто и точно описывает предка — человека, жившего на холме.