Фамилия Тобоякова — редкий случай, когда географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот с основой всё сложнее. Формально это женский вариант фамилии Тобояков, образованный по стандартной русской модели через суффикс -ов. Мужская версия, Тобояков, указывает, что предка звали Тобояк, и это прозвище или нецерковное имя.

Ключ к разгадке — в корне «Тобо». Он прямо отсылает к реке Тобол и городу Тобольску. В сибирских говорах и в среде коренных народов Зауралья (ханты, манси, сибирские татары) прозвища по месту жительства, реке или городу — обычное дело. Человек, перебравшийся из-под Тобольска или живший у Тобола, легко мог получить прозвище Тобояк. Суффикс -як в таких именах характерен для северных и сибирских говоров (сравните: сибиряк, поляк, пермяк). То есть Тобояк — это «житель с Тобола» или «тоболец».

Менее вероятная, но возможная версия — тюркская основа. В тюркских языках (татарском, башкирском) есть слово «тоба» со значением «раскаяние», «покаяние» или «увещевание». Имя Тобояк могло быть дано ребёнку в религиозной семье как пожелание праведной жизни или в память о каком-то обете. Однако для тюркских фамилий типичнее суффиксы -ов/-ев, а не -як, так что версия с русским суффиксом и сибирским корнем выглядит убедительнее.

Фамилия крайне редкая. В открытых источниках она встречается в основном в Западной Сибири — в Тюменской области, Ханты-Мансийском округе, а также единично в Башкортостане. Это подтверждает сибирский след: предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, осваивавшими Сибирь в XVII–XIX веках, либо представителями коренных народов, принявшими русскую фамилию по прозвищу.

В написании возможна путаница: фамилию могут записывать как Тобаяков (через «а»), но исходная форма с «о» — Тобояков — этимологически связана с Тоболом и Тобольском.