Фамилия Тухтина — женская форма фамилии Тухтин, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем, а не с прямым значением слова «тухлый». В русской ономастике модель с суффиксом -ин указывает на принадлежность: Тухтин — это «сын Тухты» или «человек из семьи Тухты». Основа здесь — древнерусское нецерковное имя или прозвище Тухта, которое могло возникнуть от глагола «тухнуть» (гаснуть, утихать) или от диалектного «тухтать» (медлить, копаться). В говорах северных и сибирских областей «тухта» означала тихого, вялого человека или того, кто «тухнет», то есть теряет силы. Таким образом, прозвище могло характеризовать медлительного или болезненного предка, но без резко негативного оттенка — скорее описательно.

Встречается фамилия в основном на севере европейской части России и в Зауралье, где сохранились архаичные прозвищные формы. Второй возможный, но менее вероятный вариант — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «тух» или «тухта» может означать «стой», «остановись», что тоже давало бы прозвище упрямому или осмотрительному человеку. Однако для русской фамилии Тухтина первая версия — славянская, от характеристики характера — выглядит правдоподобнее, так как суффикс -ин типичен именно для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а.

Интересная деталь: фамилия редкая, не входит в топ-1000 по распространённости, но встречается в единичных записях в Вологодской и Кировской областях. Это говорит о том, что род мог быть локальным, из одного села или волости. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Ту́хтина, хотя в разговорной речи иногда смещается на второй. Однокоренные фамилии — Тухтин, Тухтанов, Тухватуллин — имеют разное происхождение: последние две явно тюркские, а Тухтин и Тухтина — чисто русские, с той же основой.