Фамилия Тухунов — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с этнической и географической привязки. Основа здесь — личное имя или прозвище Тухун. В русской ономастике такой корень нетипичен для славянских земель, зато хорошо известен на Кавказе и в Поволжье. Учитывая распространённость фамилии, логичнее всего связывать её с тюркскими или кавказскими языками.

Вероятнее всего, имя Тухун восходит к тюркскому слову «тух» — «сытый», «насыщенный», либо к чеченскому «туьха» — «соль». В первом случае прозвище могло означать упитанного, крепкого человека. Во втором — человека, связанного с солью: торговца, добытчика или того, кто жил у соляных источников. В чеченской среде фамилия Тухунов (вариант — Тухунгов) встречается среди представителей тейпа, и там она указывает на родовую принадлежность, а не на индивидуальную черту.

Модель образования простая: к основе Тухун добавили русский патронимический суффикс -ов. Это типично для многих нерусских фамилий, которые оформились в XIX–XX веках при документальном учёте. Суффикс показывает, что фамилию дали по отцу: Тухунов — сын Тухуна. Если бы фамилия закрепилась в тюркской среде без русификации, она звучала бы как Тухуноглу или просто Тухун.

Спорных версий немного. Можно было бы предположить связь с древнерусским «тухнуть» (угасать, портиться), но это даёт прозвище с негативным оттенком, а фамилия явно не из северных русских областей. Поэтому кавказско-тюркское происхождение остаётся основным и самым убедительным.

Среди носителей фамилии встречаются люди разных профессий, но в истории она не получила громкой известности. Фамилия редкая, компактно бытует в Чечне, Ингушетии, а также среди выходцев из этих регионов в других частях России.