Фамилия Туханов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Туханов — буквально «сын Тухана» или «человек из рода Тухана». Основа здесь — «Тухан», и именно её происхождение вызывает наибольший интерес и споры.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение прозвища. В тюркских языках слово «тухан» (или близкие к нему «туган», «тухун») означает «родственник», «родич», «сородич». В кочевой среде, где родственные связи играли ключевую роль, такое прозвище могли дать человеку, который был известен своей многочисленной роднёй, или, наоборот, пришлому, чей род был неизвестен. В русских говорах Поволжья и Приуралья, где веками шло смешение с тюркским населением, это слово могло закрепиться как личное некалендарное имя или прозвище. Подтверждение этой версии — фамилия Туканов, которая встречается в тех же регионах и образована от того же корня (с озвончением «х» в «к»).

Менее убедительна, но возможна версия от древнерусского нецерковного имени Тухан, которое могло быть связано с глаголом «тухать» (гаснуть, утихать) или с диалектным «тухлый» (сырой, влажный). Однако эта гипотеза слабая: прозвища с таким значением в русской традиции редки и не дали массовых фамилий. Скорее всего, если бы основа была чисто славянской, мы бы видели больше вариантов вроде Тухлов или Тухлин.

Географически фамилия Туханов тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: её фиксируют в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Встречается и на юге России, в казачьих станицах, где также была распространена практика прозвищ из языков соседей. В центральных и северных областях России фамилия редка.

Таким образом, с высокой долей вероятности предки носителей фамилии Туханов жили на границе славянского и тюркского миров, и их прозвище отражало родовую или социальную характеристику — принадлежность к определённому клану или роду. Фамилия не дворянская и не купеческая, а народная, крестьянская или казачья, что типично для прозвищ, закрепившихся в XIX веке.