Фамилия Туханова — женская форма от Туханов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа — Тухан — это неканоническое личное имя или прозвище, которое могло возникнуть из тюркского корня «тухан» — «сокол» или «ястреб». В степной и татарской среде такие «птичьи» прозвища давали за острый глаз, стремительность или воинскую хватку. В русских говорах, особенно на юге и востоке, слово «тухан» фиксировалось и как диалектное обозначение человека угрюмого, молчаливого, «насупленного», что тоже могло стать источником прозвища.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Туханов буквально значит «сын Тухана». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и её география привязана к Поволжью, Приуралью и южнорусским областям, где было сильное тюркское влияние. В метрических книгах XIX века Тухановы встречаются в Симбирской, Самарской и Оренбургской губерниях — как раз в зоне активных контактов русского и тюркского населения.

Интересная деталь: в отличие от более частых Тугановых (от тюркского «туган» — «родной, брат»), Тухановы — группа заметно более редкая. Сравнение показывает, что корень «тух-» в русской ономастике почти не дал других фамилий, кроме Тухановых и, возможно, Тухтаровых, что делает эту фамилию локально уникальной. Если предок носителя был прозван Туханом за соколиную зоркость или за угрюмый нрав — сказать уже сложно, но ясно, что фамилия возникла не из церковного имени, а из живого бытового прозвища, и сохранила его звучание почти без изменений.