Фамилия Туханин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «тухан». В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, «тухан» — это небольшой навес, шалаш или временное укрытие, а также закуток в доме. Соответственно, прозвище Тучан или Тухан мог получить человек, живший в подобной постройке, либо тот, кто строил такие шалаши, например, охотник или лесник. Вторая, менее распространённая версия, возводит основу к тюркскому корню «тух» (соль) или «тухан» (солеварня), что указывало бы на занятие предка добычей или торговлей солью. Однако для русской фамилии эта гипотеза слабее, так как в центральных областях солеварни были редкостью.

Модель образования простая и типичная для северных и центральных регионов России: основа «Тухан» + притяжательный суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Туханин, то есть «сын Тухана» или «человек из рода Тухана». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с именами или прозвищами на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я или мягкий согласный. В данном случае основа «Тухан» оканчивается на твёрдый «н», что делает суффикс -ин стандартным, но сама фамилия остаётся относительно редкой: в современных базах она встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае, что косвенно подтверждает северное происхождение.

В исторических документах фамилия не фигурирует среди дворянских родов, что говорит о её крестьянских или посадских корнях. Возможно, предки Туханиных были вольными хлебопашцами или ремесленниками, жившими на окраинах деревень. Известных носителей с этой фамилией в справочниках нет, поэтому точная дата её фиксации остаётся неизвестной. Для потомков фамилия может быть ценной нитью к локальной истории Русского Севера, где слово «тухан» до сих пор сохранилось в говорах.