Фамилия Тупахина образована от прозвища Тупаха, и это прямое указание на род занятий или характерную черту далекого предка. Вопреки возможному впечатлению, прозвище не связано с умственными способностями — куда вероятнее, что оно имело отношение к ремеслу.

Первая и наиболее правдоподобная версия возводит основу к глаголу «тупить», то есть «делать тупым, неострым». На первый взгляд занятие странное, но в старину оно было вполне конкретным. Затупление лезвий и ножей требовалось для специальных целей: например, чтобы инструмент не портил материал или не представлял опасности при определенных работах. Мастер, который этим занимался, получал «профессиональное» прозвание Тупаха, которое закреплялось за ним прочнее имени.

Согласно второй гипотезе, прозвище связано с украинским словом «тупак» — так называли большой тупой топор. В этом случае Тупахой могли прозвать не того, кто тупил лезвия, а наоборот, мастера по изготовлению топоров. Такое прозвище — типичный пример именования по орудию труда, которое становилось вторым именем человека.

Прозвища с суффиксом -ах-/-аха в русском языке обычно носили разговорный, даже фамильярный оттенок. Так могли называть человека в кругу семьи, соседей или артели, и со временем это обиходное именование вытеснило официальное. Потомки Тупахи уже писались как Тупахины — фамилия закрепилась в форме женского рода Тупахина за женщинами и в мужском варианте Тупахин за мужчинами.

Сам прозвищный пласт, из которого вышла фамилия, относится к древнейшему типу русских именований — они возникали стихийно, без участия церкви или государства, и потому особенно ценны как источник семейной истории. Фамилия Тупахина хранит память о ремесленной среде своих первых носителей, где ценились конкретные навыки, а меткое прозвище заменяло длинное родословное древо.