Фамилия Тупахин образована от прозвища Тупаха, и в этом её словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Тупахи» или «человек из рода Тупахи». Такой тип фамилий — один из самых распространённых в русской ономастике, он отвечал на вопрос «чей ты будешь?» и закреплялся за потомками уже как наследственное имя.

Сложнее обстоит дело со значением самого прозвища. Первая версия возводит его к глаголу «тупить» — «делать тупым, неострым». На первый взгляд это звучит как характеристика не самого умного человека, но ономасты предлагают более интересное прочтение: прозвище могло быть профессиональным. В старину существовали мастера, которые специально затупляли лезвия и ножи — например, для каких-то специфических работ, где острота была не нужна или даже опасна. Если так, то Тупахой называли человека по роду его занятий, а не по складу ума.

Вторая гипотеза ведёт происхождение от украинского слова «тупак» — «большой тупой топор». Тогда прозвище Тупаха мог получить мастер по изготовлению топоров, и в этом случае мы снова видим ремесленное именование, но уже с материальной основой: человек делал вещи, которые назывались «тупаками». Эта версия выглядит не менее правдоподобной, чем первая, и обе они объединяют фамилию с миром ремёсел, а не с насмешкой над умственными способностями.

Интересно, что фамилия Тупахин не слишком частотна, и это наводит на мысль о её локальном бытовании. Прозвища, от которых она произошла, были живыми в южнорусских и украинских говорах, поэтому искать корни рода стоит в тех регионах, где пересекались русская и украинская языковые традиции. Само слово «тупак» в значении «тупой топор» — диалектное, и его употребление сразу указывает на определённую территорию.

Так или иначе, прозвище Тупаха закрепилось за конкретным человеком как его обиходное имя, вытеснив или дополнив крестильное, а уже его дети и внуки стали писаться Тупахиными. Фамилия сохранила память о прозвище, которое, скорее всего, носило не обидный, а описательный или профессиональный характер.