Фамилия Тускенова образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Тускенов, то есть потомок или человек из рода Тускена. Женская форма на -а — естественное грамматическое окончание для носительницы фамилии. Основа здесь — мужское личное имя или прозвище Тускен.

Разбор корня уводит нас в тюркские языки. Скорее всего, в основе лежит слово «тускен» (или близкое к нему «тускын»), которое в казахском и других тюркских языках означает «спокойный», «тихий», «смирный». Прилагательное могло стать прозвищем человека с таким характером: уравновешенного, неконфликтного. Реже встречается версия, что «тускен» — это диалектный вариант слова «тускун» («закат», «сумерки»), и тогда прозвище могли дать ребёнку, родившемуся на закате. Эта гипотеза слабее: в ономастике прозвища по времени рождения встречаются, но для тюркских имён более характерны прямые обозначения качеств.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения казахов и татар: Западный Казахстан, Оренбуржье, Астраханская область, а также Башкортостан. В русских переписных книгах и ревизских сказках эта фамилия не фиксируется — её нет в дореволюционных дворянских родословных, что типично для фамилий, возникших в среде кочевого или сельского тюркского населения в XIX — начале XX века. Фамилия оформилась, когда у казахов и татар начали закрепляться наследственные родовые имена, и сын человека по прозвищу Тускен стал писаться Тускенов.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила тюркский корень без дополнительных русских суффиксов (вроде -ин или -ский), что выдает относительно позднюю и бытовую фиксацию. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образуются от основ на -а/-я, здесь мы видим чистую основу на согласный, что для тюркских заимствований в русском ономастиконе обычное дело. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Тускунов — она образована от той же основы, но с оглушением конечного согласного, что могло возникнуть из-за особенностей произношения в конкретном говоре.