Фамилия Учкунов — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа «учкун» не имеет прямых параллелей в славянских языках, поэтому первое, что приходит в голову, — тюркское происхождение. И это самый вероятный путь.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «учкун» (или «учкун»), означающее «искра» или «вспышка». В переносном смысле так могли назвать человека вспыльчивого, быстрого или, наоборот, того, кто «высекал» искру в ремесле — например, кузнеца. Фамилии на -ов, образованные от тюркских прозвищ, — обычное дело в южнорусских и поволжских регионах, где русские и тюркские народы веками жили рядом.

Вторая, менее распространённая версия, отсылает к топониму. В Средней Азии есть несколько мелких географических объектов с корнем «учкун» (например, Учкун в Узбекистане или Киргизии). В таком случае фамилия могла указывать на выходца из этого места — «Учкунов» как «тот, кто из Учкуна». Но эта гипотеза слабее: топонимические фамилии обычно образуются через суффикс -ский/-ской, а не -ов.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель XIX века: «чей?» — Учкунов, то есть сын Учкуна. Само прозвище Учкун, если оно было личным именем или прозвищем, могло закрепиться за первопоселенцем ещё в XVI–XVII веках. В документах эта фамилия не встречается в перечнях дворянских родов, что говорит о её крестьянских или казачьих корнях.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде «Учконов» — это дополнительный аргумент в пользу тюркского, а не искажённого русского корня. В современной России Учкуновы встречаются точечно, чаще в Оренбуржье, Башкортостане и на юге Урала — в зоне исторических контактов с тюрками.