Фамилия Уканеева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ев, указывающего на принадлежность. В основе лежит мужское имя или прозвище Уканей. Чтобы понять, откуда взялось это имя, нужно обратиться к тюркским языкам.

Скорее всего, Уканей — это фонетический вариант татарского имени Уканай или Укеней. В татарском языке «ук» означает «стрела», а аффикс -най/-ней — распространённый компонент, образующий ласкательные имена (сравните с именами Алмаз — Алманай, Булат — Буланай). Таким образом, Уканей могло означать «стрела» или «острый, как стрела», возможно, в переносном смысле — «меткий», «быстрый». Встречается и другая версия: от слова «ука» — «наставление», «указание», тогда имя могло даваться ребёнку как пожелание быть послушным, следующим советам старших.

Фамилия Уканеева — женская форма, мужская — Уканеев. Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир: это Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она и у крещёных татар (кряшенов), что объясняет её адаптацию к русской словообразовательной модели. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри — сословие, которое платило подати, но не было прикреплено к земле.

Если сравнивать Уканееву с однокоренными фамилиями, то ближайшие аналоги — Уканов, Уканин, Укаев. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами: -ов/-ев типичен для русских фамилий на тюркской основе, а -ин указывает на происхождение от женского имени или прозвища. Редкость фамилии Уканеева (она практически не встречается за пределами Поволжья и Урала) говорит о том, что её родоначальник был выходцем из конкретного села или рода, а не из широко распространённого племени.