Фамилия Укубаев — яркий пример тюркской модели образования фамилий, распространённой у народов, исторически связанных с кочевым и полукочевым укладом: казахов, киргизов, башкир, татар, ногайцев. Основа фамилии — личное имя Укубай, которое в свою очередь состоит из двух тюркских корней: «уку» и «бай».

Первый корень, «уку», в разных тюркских наречиях может означать «сова» или «филин». В древности у многих кочевых народов филин считался не просто птицей, а мистическим существом — стражем, символом мудрости или, реже, предвестником. Второй корень, «бай», — это классический компонент множества тюркских имён, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Полное имя Укубай, таким образом, переводится как «богатый, как филин» или «хозяин-филин». Звучит необычно, но для традиционной антропонимики это нормально: имя должно было дать ребёнку силу, удачу или связь с тотемным животным.

Фамилия образована по стандартной для региона модели: к имени Укубай добавили русский патронимический суффикс -ев, который в тюркских фамилиях указывает на принадлежность: «сын Укубая». Встречается и вариант написания Укубай — без русифицированного окончания, что характерно для исконной записи имени в документах начала XX века.

Географически фамилия Укубаев чаще всего встречается в Казахстане, особенно в западных и центральных областях, а также среди ногайцев на Северном Кавказе. Встречаются и киргизские носители, но реже. Социально предки носителей фамилии были скотоводами или воинами — имя Укубай не было аристократическим, но и не считалось простонародным; его давали в надежде на достаток и защиту.

Стоит отметить, что вторая версия происхождения корня «уку» — от тюркского «оку» (стрела) — менее правдоподобна, так как в этом случае имя звучало бы как Окубай, а форма «уку» устойчиво закрепилась именно в значении «сова» в казахском и ногайском языках. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии Укубаев были людьми, чтившими традиции и верившими в силу имени-оберега.