Фамилия Унешкин — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Формант «-кин» в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность женщине: «чей сын? — Унешкин», то есть сын женщины по прозвищу или имени Унешка. Это так называемые «матронимические» фамилии, которые встречаются реже отчеств от мужских имён. В северных и центральных губерниях России, где женщины часто вели хозяйство или оставались вдовами, матронимы были более распространены.

Основа «Унешк-» восходит к древнерусскому нецерковному имени Унеш, которое фиксируется в новгородских берестяных грамотах XII–XIII веков. Имя образовано от прилагательного «уный» — молодой, юный (сравните современное «юный»). Уменьшительная форма Унешка означала «молоденький», «малыш», и могла быть как ласковым обращением к ребёнку, так и прозвищем младшего в роду. В ономастике известна параллель: фамилия Унешин (с суффиксом «-ин») бытует на тех же территориях, что и Унешкин, и имеет ту же основу.

Версия о связи с тюркским или финно-угорским корнем маловероятна: фонетика «Унеш» нехарактерна для тюркских языков, а в прибалтийско-финских аналогов не обнаружено. Скорее всего, фамилия — чисто славянская, новгородского или псковского происхождения. Социально предки Унешкиных могли быть крестьянами или посадскими людьми, носившими прозвище по возрасту или внешности, которое со временем закрепилось как фамильное имя.

Географически фамилия Унешкин встречается спорадически: единичные записи есть в Тверской и Новгородской областях, а также среди старообрядцев, которые дольше сохраняли архаичные формы имён. В современных справочниках фамилия не входит в число распространённых, что делает её ценной для генеалогического поиска — она не «размыта» по стране, а привязана к конкретным локальным гнёздам.