Фамилия Унцер — редкая для русской ономастики, и её происхождение напрямую связано с немецким языком. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от славянских корней с помощью суффиксов -ов, -ин или -ский, Унцер — это чистая основа, без типичных русских окончаний. Такая форма указывает на то, что фамилия пришла в Россию уже готовой, скорее всего, от немецких переселенцев.

Основа фамилии — немецкое слово «Unze» (унция, мера веса) или его производные. В немецком языке суффикс -er часто обозначает профессию или принадлежность к чему-то. Поэтому наиболее вероятное значение фамилии Унцер — «человек, имеющий дело с унцией», то есть либо торговец, который взвешивал товары на унции, либо меняла, работавший с мелкими мерами золота и серебра. В средневековой Германии «унцер» могло быть прозвищем для ростовщика, ювелира или аптекаря — всех, кто пользовался точными весами.

В России фамилия Унцер встречается крайне редко и в основном в регионах, где исторически селились немецкие колонисты: Поволжье, юг Украины, Санкт-Петербургская губерния. В XVIII–XIX веках немецкие мастера, ремесленники и купцы приезжали в Россию по приглашению правительства, и их фамилии часто оставались без изменений. Унцер — один из таких примеров.

Словообразовательно фамилия проста: корень «унц» (от «унция») и суффикс деятеля «-ер». В русском языке она могла бы звучать как Унцев или Унцов, если бы её адаптировали под местные модели, но этого не произошло. Фамилия сохранила немецкий облик, что сразу выдает её иноязычное происхождение.

Споров о значении практически нет: все версии сходятся на связи с мерой веса. Альтернативная гипотеза — происхождение от географического названия (например, от города Унцер в Германии) — маловероятна из-за отсутствия таких топонимов в доступных источниках. Таким образом, предки носителей фамилии Унцер, скорее всего, были немецкими ремесленниками или торговцами, связанными с точным взвешиванием — аптекарями, ювелирами или менялами.