Фамилия Ундер для русского уха звучит необычно — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые сразу указывают на принадлежность «чьему-то сыну». Это прямое указание на то, что перед нами фамилия нерусского происхождения, скорее всего, западноевропейского. Наиболее вероятная основа — немецкое слово «Unter» (нижний, под) или его диалектный вариант. В немецкой ономастике фамилия Unter встречается, и могла означать человека, живущего «под горой», «у подножия», либо указывать на нижнюю часть поселения. В России фамилия могла появиться вместе с переселенцами из Германии в XVIII–XIX веках, среди колонистов Поволжья или остзейских немцев.

Есть и другая версия, менее распространённая. В некоторых славянских говорах «ундер» могло быть искажённым произношением слова «унтер» (от немецкого Unteroffizier — унтер-офицер). В таком случае фамилия могла закрепиться за отставным солдатом или служилым человеком низшего чина, которого в быту называли по должности. Однако эта версия слабее: прозвища по воинским званиям чаще превращались в фамилии с помощью суффиксов (Унтеров, Унтерский), а форма Ундер — скорее готовая фамилия, принесённая извне.

Фамилия редкая, в метрических книгах XIX века встречается точечно, в основном в западных губерниях и в Москве у выходцев из немецких слобод. По суффиксальной модели это «чистая» основа без добавления русского патронимического суффикса — такие фамилии в России часто оставались у иностранцев, не прошедших полную русификацию. Поэтому, скорее всего, предки носителя фамилии Ундер были немецкоязычными переселенцами, а сама фамилия сохранила исходное написание и звучание.