Фамилия Ундеров — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская, а вот суффикс — чисто русский, патронимический. Модель образования проста: к основе «Ундер» добавили суффикс -ов, и получилась фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть сын человека по прозвищу или имени Ундер.

Сам корень «ундер» почти не встречается в славянских языках. Самое правдоподобное объяснение ведёт к тюркскому слову «ундур» или «ундер», которое в разных диалектах означает «выдра». Выдра — зверь ловкий, скользкий, умеющий хорошо плавать. Прозвище Ундер могли дать человеку с похожими качествами: прекрасному пловцу, рыбаку или тому, кто отличался хитростью и изворотливостью. В тюркской ономастике прозвища от названий животных — обычное дело, они часто переходили в фамилии при русификации.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с немецким словом «Unter» (нижний, под). В России XVIII–XIX веков было немало немцев на военной и гражданской службе, и фамилия могла возникнуть от прозвища, данного немцу (например, по чину «унтер-офицер»). Но фонетически «Ундер» от «Унтер» отличается глухим «т» на конце, которое в русском языке обычно не заменялось бы на звонкое «д». Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где исторически был силён тюркский субстрат. Встречается она нечасто, и это скорее всего указывает на то, что родоначальник был выходцем из татарской, башкирской или ногайской среды, получившим фамилию при переходе в православие или при записи в ревизские сказки. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для поздних патронимических образований на -ов.