Фамилия Унукаева — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с географией Северного Кавказа. В первую очередь, это фамилия осетинская, хотя носители встречаются и среди других народов региона. Основа фамилии — мужское имя Унука (или Унук), которое, скорее всего, является диалектной или уменьшительной формой более полного имени. В осетинском языке распространены имена с компонентом «уа» (святой, небесный) или восходящие к древним родовым именам, но точная этимология имени Унука до конца не прояснена ономастами.

Словообразовательная модель здесь — типичный для многих кавказских фамилий суффикс -ев (в женском роде -ева), который присоединяется к основе. Фамилия Унукаев (мужской вариант) образована по той же схеме, что и, например, Битаров или Кцоев: к имени-прозвищу добавляется патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду («сын Унуки»). Таким образом, Унукаева — это женская форма той же фамилии, то есть «дочь или жена из рода Унукаевых».

Если копать глубже, в осетинской антропонимике много имён, связанных с тотемическими или эпическими корнями. Имя Унук могло иметь значение, связанное с «уна» (осет. «уын» — быть, существовать) или быть сокращением от сложного имени, где вторая часть утрачена. Встречается версия, что это вариант имени Аннука, которое, в свою очередь, может восходить к библейскому Анна (благодать), но для осетинской среды это скорее позднее заимствование, маловероятное для древних родовых фамилий.

Социально предки современных Унукаевых, вероятно, были свободными общинниками или воинами-всадниками, характерными для осетинского общества. Фамилия не указывает на княжеское или дворянское происхождение (такие фамилии часто имеют другой формант, например, -он или -ты), но и не относится к низшим сословиям. Встречается фамилия преимущественно в Северной Осетии, особенно в Дигорском и Ирафском районах, где сильны родовые традиции. Поскольку фамилия редкая, её носители в прошлом, скорее всего, были выходцами из одного конкретного села или фамильного клана, что типично для осетинской родовой структуры.