Фамилия Упенекс — редкий случай, когда написание почти полностью выдает её латышское или ливское происхождение. В русском языке она выглядит чужеродно из-за конечного -екс, характерного для латышских фамилий. Скорее всего, перед нами латышская фамилия, записанная в русской транскрипции, или её русифицированный вариант.

Основа фамилии — «упене» (латыш. upene — «речная, водяная»). Это слово могло быть прозвищем человека, жившего у реки, или указывать на его занятие — например, рыбака или перевозчика. Суффикс -екс в латышском языке часто образует фамилии от прилагательных или существительных, обозначая принадлежность или характерный признак. Ближайшая аналогия — распространённая латышская фамилия Упенс (Upens), от которой Упенекс может быть уменьшительной или патронимической формой.

Если фамилия Упенекс встречается в России, особенно в западных областях (Псковская, Ленинградская), она почти наверняка принадлежит потомкам латышей или ливов, переселившихся в XIX — начале XX века. В Латвии такая фамилия могла возникнуть в ходе «латышизации» немецких фамилий или быть записана священником при крещении. В любом случае, носитель фамилии Упенекс — потомок человека, которого окружающие называли «речным» — по месту жительства или роду деятельности, связанному с водой.