Фамилия Упкин происходит от прозвища Упка, которое, в свою очередь, связано с нарицательным словом «юпа». В архангельских говорах так называли летнюю суконную одежду лопарей, сшитую мешком. В тверских говорах — крестьянский плохой тулуп, нередко крытый холстом. В Малороссии употреблялось слово «юпка» со сходным значением — «тулуп, теплый халат, кафтан».

Прозвище Упка, скорее всего, получила женщина, которая носила такую одежду. Чередование гласных ю/у в корне — характерная черта южных говоров, что указывает на возможное географическое происхождение фамилии. Потомок человека с прозвищем Упка со временем стал носить фамилию Упкин.

Модель образования здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, и отвечал на вопрос «чей?». То есть Упкин буквально означает «сын Упки» или «человек из семьи Упки». Такая модель широко распространена в северорусских и центральных регионах, хотя само прозвище с южным чередованием гласных добавляет любопытный контраст.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, образованных от личных имён или профессий, Упкин отсылает к бытовой детали — одежде. Это делает её более «женской» по происхождению: прозвища от предметов гардероба чаще давали женщинам, поскольку их повседневная одежда была заметнее и имела больше вариантов названий в местных говорах. Впрочем, нельзя полностью исключать, что прозвище закрепилось за мужчиной, например, за портным или торговцем такой одеждой, но эта версия менее правдоподобна из-за прямого значения слова.

Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -ин от прозвищ с конечным -а/-я — один из древнейших пластов русских фамилий, и Упкин вписывается в эту схему без натяжек. Встречаемость фамилии невысокая, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с массовыми крестильными именами. Если искать родственные фамилии, то сюда же относятся Юпкин, Юпка, Упков — все они образованы от тех же диалектных слов с разным оформлением.