Фамилия Усс чаще всего отсылает к эстонскому слову uss — «змей; червь». Прозвище, от которого она произошла, могло закрепиться за человеком, чем-то напоминавшим змею внешне или по характеру, но это лишь одна из версий. Важно, что в эстонском это слово не несёт однозначно отрицательной окраски: так могли называть и юркого, гибкого, цепкого человека, и того, кто казался скрытным или нелюдимым.

Словообразовательная модель проста: фамилия совпадает с нарицательным словом, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Такое «голое» заимствование — признак того, что фамилию могли зафиксировать в письменных документах напрямую, без адаптации, или что она возникла в среде, где эстонская речь была обыденной. Это характерно для Прибалтики, а также для территорий, граничивших с эстонскими землями, например для Псковской губернии.

Впрочем, есть и другой путь. Ряд старинных русских родов в XVII веке любил возводить свои родословные к западноевропейским предкам, подчас сочиняя фантастические генеалогии. Фамилия Усс могла попасть в эту моду: её носители иногда пытались связать себя с немецкими или шведскими корнями, хотя само слово оставалось эстонским. Но такие построения почти всегда не выдерживают критики — они появлялись задним числом, чтобы придать роду вес.

Стоит учитывать и омонимию. В южнорусских и украинских говорах «усс» — не отдельное слово, но могло быть прозвищем от глагола «уськать» (травлять, натравливать) или от междометия, которым погоняют собак. Однако эта версия менее убедительна: она не объясняет, почему фамилия закрепилась именно в такой краткой форме, тогда как эстонское uss даёт прямое и простое объяснение.

Сегодня фамилия Усс встречается и в России, и в Эстонии, и в Латвии. В русскоязычной среде она воспринимается как короткая и необычная, поэтому часто привлекает внимание. Но её носителям не стоит искать в ней скрытый смысл: скорее всего, предок получил прозвище за живость или осторожность, а может, и вовсе за профессию, связанную с землёй, где черви и змеи были частью повседневного быта.