Фамилия Устакишиева — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, скорее всего, с кумыкским или ногайским. Основа фамилии — мужское имя или прозвище Устакиши. Разбираем его по составу: «уста» в тюркских языках означает «мастер», «умелец», «ремесленник», а «киши» — «человек», «мужчина». Таким образом, Устакиши — это дословно «мастер-человек» или «человек-мастер», то есть прозвище искусного ремесленника, мастера своего дела.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (после основы на -и пишется -ев, а не -ов), который указывает на принадлежность: «чей?» — Устакишиев, то есть потомок человека по имени Устакиши. Женская форма Устакишиева — это та же фамилия, но с окончанием женского рода. Типичная модель для фамилий народов Кавказа и Поволжья, которые в XIX–XX веках получали фамилии на русский манер.

Географически фамилия Устакишиева встречается в основном на Северном Кавказе, в частности в Дагестане (особенно среди кумыков) и в Чечне. Кумыкский язык, на котором «уста» и «киши» — обычные слова, даёт самую прямую и правдоподобную версию. В некоторых тюркских языках «уста» может также означать «старший», «почтенный», но вариант «мастер» выглядит более конкретным и прозрачным для прозвища.

Фамилия не имеет отношения к русскому слову «уста» (губы) — это случайное звуковое совпадение. Вариантов написания в XIX веке могло быть больше (Устакишов, Устакишев), но закрепился именно современный вариант с -иев. Носители фамилии — потомки людей, которых в своём ауле уважительно называли «Устакиши» за их ремесленные навыки.