Фамилия Устишин (и её вариант Устишины) почти наверняка восходит к старинному русскому имени Устиша — народной, обиходной форме канонического имени Устин. Само имя Устин — это упрощённое звучание латинского Юстин (Justinus), которое образовано от слова «justus», то есть «справедливый». Так что в основе фамилии лежит прозвание предка по имени: Устиша, а его дети и внуки становились Устишиными — «чьи-то», принадлежащие роду Устиши.

Словообразовательная модель здесь простая и очень распространённая: суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. Если главу звали Устиша, то домочадцев записывали как Устишины. Важно, что форма Устиша, а не более книжное Устин, говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где имя бытовало в живом, разговорном виде — скорее всего, среди крестьян или посадских людей, а не в книжной среде духовенства.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Однако сам факт, что в основе лежит именно уменьшительная форма, позволяет предположить, что фамилия возникла не в самом раннем пласте (где чаще фиксировали полные имена), а несколько позже, когда имя Устиша уже прочно вошло в обиход как самостоятельное.

Интересно, что у фамилии есть «родственники» по основе: Устинов, Устинович, Устюшин, Устинкин. Все они образованы от того же имени, но разными суффиксами и от разных его форм. Устишины выделяются именно тем, что закрепили самую короткую и ласковую форму имени, что делает фамилию своеобразным памятником не официальной, а повседневной, домашней традиции имянаречения.