Фамилия Усубакунов — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского имени с тюркским суффиксом. Её основа — мужское имя Усубакун, которое в свою очередь восходит к арабскому Усуб (Усубек) с компонентом «бек» (господин, князь). Вторая часть, «-кун», может быть вариантом тюркского «кун» (день, солнце) или ослабленной формой «хан». Таким образом, имя могло означать «господин дня» или «князь-солнце» — типичная для кочевой аристократии метафора.

Суффикс «-ов» указывает на патронимическую модель: Усубакунов — буквально «сын Усубакуна». Такая модель характерна для русскоязычного документирования тюркских фамилий в XIX — начале XX века, когда нерусское население Российской империи получало фамилии по отцу с добавлением русского суффикса. В киргизском и казахском ономастиконе встречаются схожие формы: Усубакун, Усубаев, Усупбаев.

Географически фамилия тяготеет к северному Кыргызстану и южному Казахстану. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, вероятно, в 1920–1930-е годы при массовой паспортизации. Носители, скорее всего, происходят из среды скотоводов или мелкой родовой знати: имя «бек» в основе указывает на привилегированное положение предка, но не обязательно на крупного феодала.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила редкий для тюркских имён элемент «-кун» в середине, а не на конце, как в более частых «Кунбаев» или «Кунакбаев». Это делает её ценной для ономастов: она фиксирует архаичную форму сложного имени, где оба компонента равноправны, а не один из них редуцирован до суффикса.