Фамилия Усупаев — редкий случай, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот значение корня требует оговорок. Это фамилия тюркского корня, характерная для народов Центральной Азии, прежде всего для киргизов и казахов. Об этом говорит суффикс -ев, который в русской передаче закрепился за фамилиями, образованными от основ на мягкий согласный или на -й. В оригинале фамилия звучала бы как Усупай улы (сын Усупая) или Усупов, но через русское делопроизводство XIX–XX веков форма приобрела привычное -ев.

Основа фамилии — личное имя Усупай. Это диалектный или фонетический вариант имени Юсуп (Йусуф), которое восходит к библейско-кораническому Иосифу. В тюркской среде имя прошло через звуковые изменения: начальный й- в некоторых говорах перешёл в у- (ср. казахское «усын» — протяни, вместо «йусын»), а конечный -п превратился в -п. Таким образом, Усупай — это «Иосиф» в местном произношении, а Усупаев — буквально «сын Иосифа».

С точки зрения социальной истории, фамилия Усупаев почти наверняка не дворянская и не крестьянская в привычном русском понимании. Она возникла в среде кочевых или полукочевых родов, где фамилии массово закреплялись в советское время при паспортизации. До этого использовалась родовая система: человек называл имя отца (Усупай) и название рода или племени. Поэтому носители фамилии Усупаев — это потомки человека по имени Усупай, который жил, скорее всего, в конце XIX — начале XX века в одном из киргизских или казахских родов (например, в племени сарыбагыш или адай).

Интересная деталь: в русской транскрипции фамилия могла записываться по-разному — Усупаев, Усупайев, реже Осупаев. Форма с двумя «у» (Усупаев) — самая частая и правильная с точки зрения тюркской фонетики. Если вы встретите вариант Усупбаев — это уже другая модель, с добавлением «бай» (богач, хозяин), что означает «сын богатого Усупа». Но Усупаев — проще и древнее, без социального оттенка.