Фамилия Усупов — один из ярких примеров тюркского пласта в русском ономастиконе. Её основа — мужское имя Усуп, которое представляет собой народную, диалектную форму арабского имени Юсуф (библейский Иосиф). В тюркских языках звук «й» в начале слова часто переходил в «у» или выпадал, поэтому Юсуф превратился в Усупа. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Усупов, то есть сын или потомок Усупа.

Географически фамилия Усупов наиболее плотно распространена среди народов Поволжья и Приуралья — у татар, башкир, а также у казахов. В русских документах и переписях она фиксируется с XIX века, когда фамилии активно закреплялись за крестьянами и мещанами. Интересно, что написание могло варьироваться: встречаются варианты Усуфов, Усупов и даже Усуппов, но форма с одной «п» стала основной.

Родственная фамилия — Юсупов, которая образована от той же основы, но через литературную форму имени. Усуповы, таким образом, — это носители более просторечного, «народного» варианта. В среде татар-мишарей и башкир фамилия Усупов нередко указывает на принадлежность к духовному сословию: Юсуф — имя одного из пророков, и его нередко давали муллам и их детям. Однако в основной массе Усуповы — это потомки крестьян или казаков, получивших фамилию по имени отца.

Разбирать фамилию дальше по суффиксам не имеет смысла: перед нами классическая патронимическая модель (отчество, ставшее фамилией) с тюркским корнем. Никакой другой этимологии, кроме как от имени Усуп, у этой фамилии нет — версии о связи с «усы» или «усопший» лингвистически несостоятельны и основаны на случайном созвучии.