Фамилия Усупова — женская форма фамилии Усупов, а та, скорее всего, восходит к личному имени Усуп. Это имя — один из просторечных, диалектных вариантов библейского имени Иосиф (в русской традиции — Осип). В тюркских языках, особенно у народов Поволжья и Средней Азии, имя Иосиф часто произносили как Юсуф или Усуп. Таким образом, фамилия Усупов/Усупова по своему происхождению — типичный отчественный патроним: «сын Усупа» или «дочь/жена Усупа».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов/-ев добавляется к основе имени, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа «Усуп» плюс суффикс «-ов» дают фамилию Усупов. Эта модель широко распространена в центральной России, но для фамилии Усупова есть важная региональная особенность. Она гораздо чаще встречается не в исконно русских областях, а в регионах с татарским, башкирским или казахским населением, а также у народов Северного Кавказа. Там имя Усуп (как вариант Юсуфа) было обычным, и фамилия формировалась уже в русской канцелярской традиции при переписи населения.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Усуп. В некоторых говорах «усупить» означало «уступить», «сдаться». Тогда прозвище Усуп мог получить человек покладистый, уступчивый. Однако эта версия слабее, потому что в основе фамилий, как правило, лежат крестильные имена, а не глагольные формы, и для прозвища «Усуп» нет устойчивой диалектной базы, в отличие от широко известного имени Усуп/Юсуп.

Если говорить о социальном контексте, то фамилия Усупова не указывает на дворянское происхождение. В основном она бытовала среди крестьян, мещан и казаков, особенно в тех регионах, где было сильно влияние ислама и тюркских языков. Носители фамилии Усупова — это потомки людей, которых в документах записывали просто по отцу: Усупов сын, со временем превратившееся в наследственную фамилию.

Найти однокоренные фамилии несложно: это Усупов, Юсупов, Юсупова, а также более редкие варианты Усупбаев, Усупжанов. Все они восходят к одному корню — имени Юсуф/Иосиф. Разница лишь в том, какой из диалектных вариантов имени закрепился в конкретной семье при оформлении документов.