Фамилия Уйгурова — одна из тех, что с первого взгляда кажется понятной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько вопросов. Её основа — «уйгур» — прямо указывает на этническую принадлежность, но в русской ономастике такие фамилии редко бывают прямыми.

Слово «уйгур» в русский язык пришло из тюркских языков и обозначает представителя одного из древнейших народов Центральной Азии. Однако вряд ли предок носителя этой фамилии был этническим уйгуром. В крестьянской среде, где фамилии складывались стихийно, прозвище «Уйгур» могли дать человеку за внешнее сходство с представителями этого народа — например, за смуглую кожу, узкие глаза или чёрные волосы. Такая модель типична: «Татарин», «Башкир», «Калмык» — все эти прозвища не обязательно означали реальную национальность, а часто служили бытовой характеристикой.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») — классический русский патронимический формант. Он указывает на принадлежность: «чей сын?» — Уйгуров, то есть сын Уйгура. Это значит, что фамилия закрепилась в русскоязычной среде, скорее всего, в XVI–XIX веках, когда шёл активный процесс оформления фамилий у крестьян и посадских людей. Интересно, что сама основа «уйгур» в русских документах встречается редко, что делает эту фамилию не типовой, а скорее уникальной в своей локальной истории.

Если копнуть глубже, возможен и другой, более редкий вариант происхождения. В некоторых тюркских языках слово «уйгур» может быть связано с глаголом со значением «следовать», «примыкать». В таком случае прозвище могло относиться к человеку, который пришёл в общину со стороны, «пристал» к ней. Но эта версия менее вероятна, так как в русской антропонимии этнонимы всегда перевешивали по частоте абстрактные прозвища.

Географически фамилия Уйгурова встречается преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — регионах, где исторически был смешанный русско-тюркский состав населения. Там прозвище «Уйгур» могло возникнуть естественно, без путешествий в далёкую Азию.