Фамилия Вачонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Вачони. Основа — прозвище или неканоническое имя Вачона. Чтобы понять его корень, нужно отбросить суффикс -он, который в русских прозвищах часто придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный или просторечный оттенок (сравните: парень — паренёк — парун; губа — губоня). Остаётся основа «вач-», и тут начинается самое интересное.

Самая вероятная версия ведёт к глаголу «вачить» — диалектному слову, которое в рязанских, тамбовских и владимирских говорах означало «бросать, кидать», а также «медлить, мешкать». Прозвище Вачона могли дать человеку нерасторопному или, напротив, тому, кто любил «вачить» — швыряться вещами. В ономастическом словаре Б. Унбегауна упоминаются схожие основы (Вача, Вачка), но без развёрнутого толкования, что подтверждает редкость фамилии и её узкую диалектную привязку.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорским топонимом: в Нижегородской области есть река Вача и посёлок Вача. В этом случае прозвище Вачона могло означать выходца с тех мест. Однако для фамилий на -ин такое происхождение нетипично — обычно географические названия дают фамилии на -ский (Вачский). Поэтому версия с глаголом «вачить» выглядит правдоподобнее.

Суффикс -он в основе фамилии — редкая и характерная деталь. Он встречается в прозвищах вроде Мамона, Халмона, Шамона и подчёркивает разговорный, бытовой характер исходного имени. Носители фамилии Вачонин, скорее всего, происходят из среды крестьян или ремесленников центральной России, где такие прозвища были обычны и закреплялись за родом без изменений. По сословной принадлежности сказать точнее нечего — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения.