Фамилия Вахонин образована от имени или прозвища Вахоня. В русской народной традиции Вахоня — это просторечная, обиходная форма одного из крестильных имён. Чаще всего в основе таких имён лежит имя Иван (церковное Иоанн), которое в диалектах и бытовой речи давало множество вариантов: Ваня, Вахоня, Ванюта, Вахрушка. Имя Иоанн имеет древнееврейское происхождение и переводится как «милость Божья». Вахонин, таким образом, — «потомок Вахони».

Суффикс -ин в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — «Вахонин», то есть сын, внук или человек из рода Вахони. Такие фамилии чаще всего закреплялись в среде крестьян и посадских людей, где имя Вахоня было вполне обычным для неформального общения.

Регионально фамилия Вахонин встречается в основном в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской — в тех местах, где акающие говоры и местные словообразовательные особенности давали формы вроде Вахоня вместо более привычного Ваня. Встречается она и в Поволжье.

Интересна параллель с однокоренными фамилиями: Вахонин стоит в одном ряду с Вахониным, Вахониным, Ваховым и даже Вахрушиным. Все они образованы от разных вариантов одного и того же имени, но суффикс -ин у Вахонина выдает прямую связь с прозвищем, а не с отчеством на -ов. Это немного реже встречающаяся модель, чем массовые Ивановы, и говорит о том, что фамилия закрепилась скорее в деревне, где имя Вахоня было личным, а не паспортным.

Других версий происхождения, связанных, например, с диалектным словом «вахоня» (вялый, нерасторопный человек), ономастика не поддерживает: в исторических документах и словарях русских говоров такое слово не фиксируется. Так что наиболее вероятным остаётся происхождение от имени Иван через промежуточную форму Вахоня.