Фамилия Вахошин образована от личного имени или прозвища Вахоша. Скорее всего, в основе лежит краткая форма канонического имени Варфоломей (от греческого — «сын вспаханной земли»). Такие усечения, как Вахоша, Тимоша, Миша, были распространены в быту: полное имя было официальным, а дома человека звали проще и короче. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вахошин, то есть сын или потомок Вахоши.

Есть и вторая версия. В архангельских говорах «ваховь» — это пенька или пакля, которой конопатили щели в домах. Тогда Вахоша — не имя, а прозвище по ремеслу: так могли назвать плотника или конопатчика. Фамилия закрепилась за его потомками. Оба объяснения правдоподобны, но первое — более типично для русских фамилий, где основа чаще восходит к крестильному имени, чем к диалектному термину.

Фамилия редкая, в современных справочниках почти не встречается. Словообразовательная модель простая: корень Вахош- плюс суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Вахо́шин.