Фамилия Вахотин образована от имени Вахотя — разговорной, народной формы церковного имени Вахтисий. Само имя Вахтисий персидского происхождения и означает «счастливый». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не профессия, а личное имя, которое в крестьянской и мещанской среде сокращали на бытовой лад: Вахотя вместо полного Вахтисий.

Типичная модель образования — суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Вахотин, то есть сын Вахоти. Это одна из самых распространённых патронимических схем, наряду с -ов/-ев, и говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где имя отца переходило в фамилию без изменений окончания.

Примечательно, что имя Вахтисий встречается в святцах, но редко. Соответственно, и фамилия Вахотин не относится к массовым. Её носители — потомки людей, названных в честь этого редкого святого. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи описываются как результат адаптации греческих и восточных имён через русскую простонародную речь.

Встречается также вариант написания с двумя «т» — Вахоттин, но он менее устойчив и, скорее всего, возник из-за путаницы с исходным именем Вахтисий. Основная, исторически сложившаяся форма — Вахотин, с одной «т».