Фамилия Вахотина образована от имени Вахотя — просторечной, обиходной формы крестильного имени Вахтисий. В основе лежит довольно редкое церковное имя, которое, по наиболее распространённой версии, имеет персидские корни и означает «счастливый». Святые с таким именем известны по мученическим подвигам: за отказ отречься от Христа их жестоко истязали, но мучители не смогли сломить веру.

Фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: к основе Вахот- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вахоти). Такую форму обычно получали фамилии от имён, оканчивающихся на -а или -я. Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, поскольку в дворянской среде чаще использовалась полная церковная форма имени.

Интересно, что фамилия Вахотина записывается с ударением на второй слог — Вахо́тина. Это отличает её от возможных омонимов, где ударение могло бы падать на первый слог. В говорах имя Вахотя могло звучать и как Вахо́тя, что и закрепилось в фамилии. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, что указывает на давнюю локальную традицию именования.