Фамилия Вахотины принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён. В основе фамилии лежит имя Вахотя — просторечная, обиходная форма церковного мужского имени Вахтисий. Само имя Вахтисий имеет персидские корни и в переводе означает «счастливый». Таким образом, прозвище Вахотя давали человеку, носившему это имя, а его дети и внуки со временем стали Вахотиными.

Модель образования типична для русской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Вахоти). Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин и -ов активно вытесняли полуотчества.

Точное место и время возникновения фамилии Вахотин сегодня установить сложно — процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий и шёл неравномерно в разных регионах. Однако можно предположить, что корни фамилии лежат в центральных или северных русских землях, где имя Вахтисий было более употребительно, чем на юге.

Вахотины — не единственная фамилия от этого корня. Существуют однокоренные варианты Вахтин, Вахтинцев, Вахоткин, что говорит о разных местных традициях оформления одного и того же имени. Сама фамилия Вахотин — редкая: в современных телефонных справочниках и базах данных она встречается значительно реже, чем массовые фамилии вроде Иванов или Кузнецов. Эта редкость делает её ценным свидетельством локальной истории и семейной преемственности.