Фамилия Вахонин — одна из тех, что на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении скрывает несколько загадок словообразования. В её основе лежит имя Вахоня. Это не церковное, а обиходное, разговорное имя, которое на Руси давали человеку в быту, в кругу семьи. Чаще всего такие имена были производными от крестильных.

Самая распространённая версия связывает Вахоню с именем Ваня, то есть уменьшительной формой от Иоанн. Если это так, то цепочка выглядит так: Иоанн (древнееврейское «милость Божья») → Ваня → Вахоня. Переход «Ван» в «Вах» не случаен: в русских говорах звук «х» мог заменять другие согласные для придания имени простонародного, «оканного» или ласкательного оттенка. Подобные превращения встречаются и в других фамилиях: Вахрушин (от Варфоломей) или Вахрамеев (от Варлаам).

Однако есть и альтернативное объяснение. Вахоней могли прозвать человека по его привычке или манере говорить — от глагола «вахлять», то есть делать что-то небрежно, кое-как, или от диалектного «вахоня» — ротозей, разиня. В таком случае фамилия относится не к имени, а к прозвищу, которое закрепилось за родоначальником.

По суффиксу «-ин» видно, что фамилия образована по древнейшей модели принадлежности: «чей?» — Вахонин, то есть сын Вахони. Такая форма характерна для северных и центральных областей России. Фамилия Вахонин — живое свидетельство того, как в народной речи перекраивались церковные имена, превращаясь в устойчивые родовые прозвания.