Фамилия Вахонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Вахонин послужило имя Вахоня. Фамилия Вахонин образована от просторечного имени Вахоня. Поскольку среди таких имени наиболее распространенным было Ваня (форма от церковного Иоанн), то можно предположить, что именно оно стало производящей основой для Вахони. Имя Иоанн имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Вахоня, со временем получил фамилию Вахонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Вахонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Вахонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.