Фамилия Вахонева — женская форма, а мужская, Вахонев, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий, и означал он принадлежность: «чей?» — Вахонев, то есть сын или потомок Вахона. Вахон, в свою очередь, — это, скорее всего, неканоническое личное имя или прозвище, образованное от диалектного глагола «вахониться» — медлить, мешкать, возиться. В некоторых говорах «вахоня» — это нерасторопный, копотливый человек, который долго собирается или делает дело слишком медленно.

В русской ономастике есть целое гнездо фамилий с похожей основой: Вахонин, Вахонькин, Вахоничев. Все они отталкиваются от одного корня, но отличаются суффиксами, что указывает на разные варианты прозвища в разных регионах. Фамилия Вахонев — одна из самых прозрачных по словообразованию: прозвище Вахонь (или Вахоня) плюс притяжательный суффикс -ев. Встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, где диалектная лексика с корнем «вах-» была распространена. В письменных источниках XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что подтверждает его бытовое, а не церковное происхождение.

Второй, менее вероятный вариант — связь с гидронимом или топонимом. В бассейне Вятки есть речка Вахонка, а в Архангельской области — деревня Вахонево. Житель такой местности мог получить прозвище Вахоня, а его потомки — фамилию Вахоневы. Но в таком случае фамилия была бы более локальной, а она встречается в разных губерниях, поэтому версия с личным прозвищем — основная.

Вахонева — фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская. Её носительницы в XIX веке были в основном из крепостных или государственных крестьян. Ударение, как правило, падает на второй слог: Вахо́нева, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.