Фамилия Вахонина в своей основе восходит к просторечному имени Вахоня. Такие имена в старину образовывали от полных церковных имён, укорачивая и переделывая их на свой лад. Самым распространённым «донором» для подобных форм было имя Ваня — народная версия канонического Иоанн. От Вани путём добавления суффикса -ох-/-ах- и получилось Вахоня. Имя Иоанн, напомним, древнееврейского происхождения, в переводе означает «милость Божья».

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Вахонина — буквально «дочь или жена Вахони». В русской традиции фамилии на -ин сначала закреплялись за мужчиной (Вахонин), а женская форма Вахонина стала производной. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены.

Впрочем, нельзя исключать и другой, более редкой версии. В некоторых говорах слово «вахоня» могло быть прозвищем, данным за медлительность или вялость (от диалектного «вахлять» — делать небрежно, копаться). Однако эта гипотеза уступает основной: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от личных имён, а не от нарицательных прозвищ.