Основой фамилии Вахонина послужило имя Вахоня. Фамилия Вахонина образована от просторечного имени Вахоня. Поскольку среди таких имени наиболее распространенным было Ваня (форма от церковного Иоанн), то можно предположить, что именно оно стало производящей основой для Вахони. Имя Иоанн имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Вахоня, со временем получил фамилию Вахонина.